Odpowiedź na powyższe pytanie zależy od charakteru prawnego zobowiązań przedsiębiorcy wobec gminy, tj. ustalenia, czy są to zobowiązania o charakterze cywilnoprawnym, czy publicznoprawnym.
Zobowiązania gminy wobec przedsiębiorcy mają charakter cywilnoprawny.

Wzajemne potrącanie (kompensata) wierzytelności cywilnoprawnych następuje w oparciu o art. 498 i art. 499 kodeksu cywilnego. Na tej podstawie gmina może dokonać potrącenia wierzytelności o charakterze cywilnoprawnym, czyli np.: opłat za użytkowanie wieczyste, czynszu najmu lub dzierżawy i należności, ceny sprzedaży nieruchomości, kar umownych przysługujących gminie od przedsiębiorcy. Co do zasady wszystkie wierzytelności cywilnoprawne mogą być umarzane przez potrącenie, o ile nie wyklucza tego wyraźny przepis. Jednak nie można na tej podstawie dokonać potrącenia wierzytelności z tytułu podatków i innych opłat o charakterze publicznoprawnym – por. wyrok NSA z dnia 22 lutego 2008 r., sygn. akt II FSK 1684/06, LEX nr 574622.

Potrącenie następuje w drodze oświadczenia jednej ze stron, w tym wypadku gminy. W imieniu gminy takie oświadczenie musi złożyć wójt (burmistrz, prezydent) lub inna osoba, która ma do tego stosowne pełnomocnictwo. Należy zwrócić uwagę, aby pełnomocnictwo obejmowało składanie oświadczeń o potrąceniu. Oświadczenie o potrąceniu jest jednostronną czynnością prawną. W razie złożenia go przez osobę nieupoważnioną nie odniesie żadnego skutku i nie może zostać potwierdzone (art. 104 kodeksu cywilnego). Potrącenia można dokonać niezależnie od tego, czy którakolwiek z wierzytelności została stwierdzona orzeczeniem sądu. Zgoda dłużnika i jednocześnie wierzyciela gminy nie jest konieczna do skutecznego potrącenia wierzytelności. W razie kwestionowania przez dłużnika gminy istnienia lub wysokości jego długu, a tym samym skuteczności potrącenia, sprawę rozstrzygnie sąd cywilny.

Znacznie częściej gmina będzie miała wobec przedsiębiorcy wierzytelności o charakterze publicznoprawnym, w szczególności podatkowe. Wzajemne potrącenie wierzytelności publicznoprawnej i cywilnoprawnej jest możliwe tylko w wypadkach ściśle wskazanych przepisami. Potrącenie jest jednym ze sposobów wygaśnięcia zobowiązania podatkowego – art. 59 § 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749, z późn. zm.). Do potrącenia ze zobowiązań podatkowych można przedstawić tylko ściśle wskazane w ustawie kategorie wierzytelności cywilnoprawnych – katalog ma charakter zamknięty – por. wyrok WSA w Kielcach z dnia 26 stycznia 2012 r., sygn. akt I SA/Ke 536/11.

Zgodnie z art. 64 § 1 i 2 w zw. z art. 65 § 1 i 2 ordynacji podatkowej, zobowiązania podatkowe oraz zaległości podatkowe wraz z odsetkami za zwłokę w podatkach stanowiących dochód budżetu gminy mogą być potrącone ze wzajemnych, bezspornych i wymagalnych wierzytelności podatnika wobec gminnych jednostek budżetowych z tytułu zamówień wykonanych przez niego na podstawie umów zawartych w trybie przepisów o zamówieniach publicznych, pod warunkiem że potrącenie jest dokonywane przez tego podatnika i z tej wierzytelności. Przy czym takiego potrącenia można dokonać także z urzędu.

Potrącenie zobowiązań podatkowych (oraz innych należności, do których zastosowanie ma ordynacja podatkowa) następuje w drodze postanowienia. Postanowienie takie wydaje organ podatkowy (wójt, burmistrz, prezydent miasta) lub osoba posiadająca odpowiednie pełnomocnictwo administracyjne obejmujące upoważnienie do załatwiania tego rodzaju spraw i wydawania w nich postanowień. Postanowienie wydaje się po przeprowadzeniu odpowiedniego postępowania administracyjnego (podatkowego).

Analogicznie można dokonać potrącenia innych należności publicznoprawnych, do których nie mają zastosowania przepisy ordynacji podatkowej. Podstawą prawną są wówczas art. 62 i art. 63 ustawie z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2013 r. poz. 885 z późn. zm.), które mają niemal identyczne brzmienie, jak art. 64 i art. 65 ordynacji podatkowej.

Potrącenie należności publicznoprawnej (podatkowej i niepodatkowej) będzie możliwe tylko wówczas, gdy zobowiązanie gminy wobec przedsiębiorcy wynika z umowy zawartej w trybie przepisów ustawy prawo zamówień publicznych, niezależnie od trybu udzielenia zamówienia. Jeżeli zobowiązania gminy wynika z umowy, do której nie miało zastosowanie prawo zmatowień publicznych, to nie będzie możliwe potracenie wierzytelności publicznoprawnych. Jeżeli gmina będzie chciała zaspokoić swoje wierzytelności z takiej należności przedsiębiorcy, to będzie musiała wszcząć postępowanie egzekucyjne i zająć wierzytelność w toku egzekucji administracyjnej.

Natomiast za zgodą zobowiązanego będzie można doprowadzić do wygaśnięcia zobowiązania podatkowego poprzez przeniesienie na gminę wierzytelności z tytułu umowy cywilnoprawnej na podstawie art. 59 § 1 pkt 6 i art. 66 ordynacji podatkowej. Przeniesienie prawa majątkowego w zamiana za zwolnienie ze zobowiązania podatkowego następuje w drodze umowy. Na podstawie takiej umowy organ podatkowy (wójt, burmistrz, prezydent miasta) wydaje decyzję stwierdzającą wygaśnięcie zobowiązania podatkowego.